A fehérje érzékenység tünetei általában rendkívül könnyedén felismerhetőek. A betegséget nagyon sokan szokták laktóz érzékenységként vagy tejallergiaként is emlegetni, ami már egészen kicsi korban, gyakran már újszülöttként, az anyatejjel táplált babák esetében is jelentkezhet, hiszen az anyatejben is kiválasztódnak már azok a fehérjék, amelyek képesek allergiát okozni. A csecsemők esetében a fehérje érzékenység tünetei a legtöbb esetben nem a bőrön vagy külsőségeken jelentkeznek, hanem a székletben megtalálható apró vérpöttyök formájában, de a csökkenő súlygyarapodás is felhívhatja a figyelmet arra, hogy a szervezetben kóros immunreakció zajlik.
Nagyobb gyerekeknél vagy felnőttkorban kialakuló fehérje érzékenység esetében a tünetek ennél sokkal súlyosabbak lehetnek, a leggyakoribbak a légutakat vagy a bőrt érintő elváltozások, amelyek között asztma és ekcéma is megtalálható. A fehérje érzékenység tünetei továbbá a puffadás, a hirtelen gázosodás, a hányás, a hasmenés, de a különféle emésztőrendszeri problémák is ide sorolhatók. Amennyiben a fehérje érzékenység tünetei kialakulnak, minden esetben azonnal orvoshoz kell fordulni a súlyosabb következmények elkerülése végett.