A gyomorfekély esetében a gyomor nyálkahártyájának sérüléséről beszélünk egy legalább öt milliméter kiterjedésű területen. A fekély különböző méretű és mélységű lehet, a gyomorfekély tünetei esetében pedig a legszembetűnőbb minden esetben a gyomorfájás, amely általában a gyomorszáj tájékán lép fel. A fájdalmat nagyon sokan összekeverik a gyomorégéssel, mert általában tompa és leginkább égő jellegű. Azonosításában azonban segítséget nyújthat, hogy a fájdalom gyakran kisugárzik a hátba, a gerinc környékébe is, ebben az esetben pedig azonnal fel kell keresni egy kezelőorvost, a fekély ugyanis már a hasnyálmirigy irányába, egyre mélyebbre hatol.
A gyomorfekély tünetei közül jellemző, hogy a fájdalom a legtöbb esetben közvetlenül az étkezés után megszűnik, a gyomor tartalmának kiürülésével, az éhségérzethez közeledve pedig egyre csak erősödik, fokozatosan visszatér, a fekély méretétől és helyétől függően gyakran már egy, maximum három óra elteltével. Ezt a fájdalmat hívja az orvos tudomány éhségfájdalomnak, és ezt nevezhetjük a gyomorfekély tünetei közül a legjellemzőbbnek is. A fájdalmat általában a gyomorban termelődő gyomorsav okozza, így a fájdalom némileg enyhíthető lúgosítással.