A hpv vírusfertőzésnek kétféle változatát különíthetjük el, így a papillómát, vagyis a vírusos szemölcsöt és a gyulladással vagy kondilómával együtt járó állapotot. A hpv vírus tünetei éppen ezért rendkívül szerteágazóak és típusonként eltérőek lehetnek. A papillóma esetén a hpv vírus tünetei a jóindulatú daganatokhoz hasonlók, tehát tulajdonképpen fájdalom nélküli, csupán esztétikai és mozgáskoordinációs zavarokat okozó kinövések, amelyek a test bármelyik részén megjelenhetnek.
Amennyiben a hpv vírus a nemi szervek régióját fertőzte meg, akkor már egy sokkal súlyosabb problémáról beszélhetünk, így például gyulladásos állapotról. A hpv vírus tünetei ilyenkor a híg, enyhén gennyes hüvelyi folyás. Ha a betegség kondilómát okoz, tehát egy nemi úton terjedő jóindulatú daganatot, akkor a hpv vírus tünetei első ízben vérellátási zavar, gyulladás és rendkívül kellemetlen folyás lehet, de kezeletlenül később más nemi betegség, például gonorrea kialakulását is eredményezheti. A hpv fertőzés egyik másik formája, amikor rosszindulatú daganat keletkezik a nemi szerveken, amit kezeletlen fertőzés idézhet elő, felismerése pedig gyakran csak rákszűrő vizsgálatok során derül ki.
